Министерство будет отвечать за выработку и реализацию государственной политики в сфере высшего образования и соответствующего дополнительного образования, социальной поддержки и социальной защиты обучающихся, молодежной политики, научной, научно-технической, инновационной деятельности, нанотехнологий, развития центров науки и высоких технологий, государственных научных центров и наукоградов, интеллектуальной собственности.
Отдельные полномочия Минобрнауки России будут осуществляться по согласованию с Министерством просвещения, прежде всего в тех вопросах, где раздельное регулирование создаст сложности для функционирования отрасли, например, в части дополнительного образования, применения электронного обучения, особенностей режима рабочего времени и времени отдыха педагогических работников, порядка отбора иностранных граждан на обучение в пределах квоты, установленной Правительством России.
Минобрнауки России по согласованию с Министерством просвещения будет утверждать федеральные государственные образовательные стандарты высшего образования по специальностям и направлениям подготовки, включенным в укрупненную группу «Образование и педагогические науки».
К новому министерству переходят функции упраздненного Федерального агентства по научным организациям, включая функции по управлению имуществом. Государственные задания на проведение фундаментальных и поисковых научных исследований для научных организаций, которые ранее находились в ведении ФАНО, Минобрнауки будет утверждать с учетом предложений Российской академии наук.
Согласно постановлению между Минобрнауки России и РАН в течение двух месяцев должен быть разработан порядок взаимодействия по всем вопросам, которые относятся к совместному ведению.