Напомним, если первый вариант законопроекта предполагал ликвидацию нынешней РАН, а также академий медицинских и сельскохозяйственных наук и создание некоего государственно-общественного объединения, то принятые во втором чтении поправки говорят о присоединении двух академий к РАН, которая останется федеральным государственным бюджетным учреждением. РАН сохранит функции, связанные с проведением фундаментальных и поисковых исследований. Не допускается вмешательство органов государственной власти в научную деятельность академии.
Научные институты, находящиеся в ведении РАН, РАМН и РАСХН, передаются в ведение федерального агентства по управлению имуществом РАН (за исключением трех отделений академии - Дальневосточного, Сибирского и Уральского). Депутаты рекомендовали правительству утвердить положение об агентстве в течение трех месяцев после вступления закона в силу. Государственные задания на проведение фундаментальных и поисковых научных исследований институтами, переданными в его ведение, будут утверждаться агентством с учетом предложений РАН.
Однако, судя по всему, внесенные поправки не убедили ученых. Так, на сайте Института российской истории РАН появился текст коллективного обращения научных институтов Российской академии наук к президенту Владимиру Путину: «Восемнадцатого сентября Государственной Думой был принят закон, фактически уничтожающий один из немногих оставшихся символов национальной идентичности нашей страны - Российскую академию наук.
Мы точно знаем, что подчинение науки бюрократам неминуемо приведет к быст­рой деградации интеллектуального потенциала нации, упадку культуры и победе мракобесия в России. Пройдет совсем немного времени, и наши дети уже не смогут получить в России качественное образование, а суверенитет и национальная безопасность страны станут пустым звуком.
Мы считаем этот закон антигосударственным, антинародным и призываем Президента России не подписывать его».
Отдельные представители ученого сообщества также критикуют принимаемый закон. В частности, против него высказался директор Главной астрономической обсерватории РАН, доктор физико-математических наук Юрий Гнедин: «Некие плановые научные работы в соответствии с законом также будут утверждаться этим агентством при правительстве. А это уже самое прямое вмешательство в научную деятельность. Я думаю, что все идет к сокращению фундаментальной науки. Ей нанесен серьезный удар, и это наступление будет продолжаться дальше».