В частности, по сведениям Генпрокуратуры, при заключении с Минобрнауки соглашений о предоставлении субсидии не все регионы выполнили условия о софинансировании мероприятий. Как уточнило ведомство, в 2013 году министерство перечислило субсидии в Ставропольский край (549,5 млн рублей), Воронежскую (371,6 млн), Самарскую (313,2 млн) области и Еврейскую АО (37,8 млн), несмотря на то что при заключении соглашений региональными бюджетами средства на эти цели предусмотрены не были.
Запланированные в регионах мероприятия по модернизации общего образования не всегда были своевременны и обоснованны, что не позволило реализовать их в полной мере. Не обеспечено достаточное финансирование образовательных учреждений для покупки учебников. Так, в Челябинской области в 2012 году значительная часть учебников приобреталась за счет средств родителей.
Прокуроры Дагестана, Красноярского края, Белгородской, Курской, Смоленской, Тверской областей, Санкт-Петербурга выявили факты простоя оборудования, приобретенного в рамках модернизации общего образования. К примеру, в Курской области из-за отсутствия финансирования на оплату услуг Интернета более 6 месяцев не использовалось оборудование для дистанционного обучения детей-инвалидов.
Нередко оплачивались фактически невыполненные работы. Общеобразовательная школа станицы Кардоникской Карачаево-Черкесской Республики в 2012 году заключила контракт с ООО на поставку в течение 10 дней электронно-вычислительной техники на сумму 175 тыс. рублей и перечислила предоплату. Однако техника до сих пор в школу не поступила. При этом исполнитель по указанному в контракте адресу не располагается. По материалам проверки возбуждено уголовное дело.
Всего прокуроры выявили свыше 4 тысяч нарушений, более 240 должностных лиц привлечены к дисциплинарной ответственности, 54 - к административной.
Само министерство, по заключению Генпрокуратуры, ненадлежащим образом исполняет полномочия главного распорядителя бюджетных средств при предоставлении субсидий регионам. В ряде случаев Минобрнауки неправомерно передавало часть своих полномочий коммерческим организациям, не обеспечивало рациональное расходование бюджетных средств при формировании и финансировании госзаданий для подведомственных учреждений. Министру Дмитрию Ливанову внесено представление об устранении нарушений.